Er und Pheonix blieben bis zu seinem frühen Tod beste Freunde. Große Berühmtheit erlangte er 1989 durch seine Rolle als Todd Anderson im Film „Der Club der toten Dichter“. Obwohl er eigentlich nicht vorhatte, mit der Schauspielerei weiterzumachen, erhielt er dank seiner erfolgreichen Darstellung in „Der Club der toten Dichter“ weitere Angebote und übernahm zunehmend Hauptrollen.Sie spielte die Hauptrolle in den Filmen Dad (1989) und A Midnight Clear (1992), die auf zwei Romanen von William Wharton basieren. Mit ihrer Rolle als verträumte amerikanische Teenagerin Jessie im Film „Before Sunrise“ aus dem Jahr 1995 erweckte sie die Rolle zum Leben, mit der man sie vielleicht am meisten identifiziert. Der Film von Richard Linklater brachte Hawke und seiner Co-Star Julie Delpy viel Lob von der Kritik ein. Sein Roman „The Hottest State“ wurde 1996 veröffentlicht.
1998 spielte sie neben Gwyneth Paltrow und Robert De Niro in „Große Erwartungen“, basierend auf dem Roman von Charles Dickens. Im Jahr 2004 lief er mit Julie Delpy in der Fortsetzung von „Before Sunset“ durch die Straßen von Paris. Er war die erste Wahl für die Rolle des FBI-Agenten Will Graham in „Red Dragon“, lehnte jedoch ab, da er zu diesem Zeitpunkt eine Drehpause einlegte. In den 2000er Jahren begann er auch, in Kriminal- und Actionfilmen mitzuspielen. Sie arbeitete jedoch weiterhin mit Richard Linklater zusammen und spielte die Hauptrolle in seinen Filmen „Before Midnight“ und „Boyhood“. Hawke heiratete 1998 Uma Thurman, die er am Set des Films Gattace kennengelernt hatte. Aus dieser Ehe gingen eine Tochter namens Maya Hawke (geb. 1998) und ein Sohn namens Roan Thurman-Hawke (geb. 2002) hervor. Das Paar trennte sich im Jahr 2005. Sie heiratete Ryan Shawhughes 2008 zum zweiten Mal und sie haben zwei weitere Töchter, Clementine Jane (geb. 2008) und Indiana (geb. 2011).